哈尔滨医科大学附属二院眼科创建于1954年，经过五十余年的不断发展，取得了一个又一个可喜可贺的成绩。2000年成为黑龙江省省级重点学科。2004年成功申报眼科学博士点；2005年顺利通过了黑龙江省级重点学科验收工作，成绩优秀；2006年圆满完成学科带头人梯队检查评估工作并得到好评；2007年再次获得“十一五”省级重点学科项目资助；2008年首次成功举办与奥比斯飞机眼科医院开展的“防盲治盲”国际合作项目；2009年成功完成专科医师培训基地评审。现今眼科的建设规模、医疗服务、学术水平、人才培养和医疗设备等方面均已达到国内领先水平，是集医疗、科研、教学、保健和防盲治盲为一体的现代化多功能机构。 
哈尔滨医科大学附属二院眼科为促进学科发展，适应医、教、研工作的需要，眼科率先在东三省形成专科特色，设立了青光眼、白内障、眼底病、斜视与弱视及小儿眼科、眼整形与泪器病、角膜病、眼外伤等专业组和专病诊室，并有视光学（准分子激光近视眼治疗中心、屈光诊室、隐性眼镜诊室）、眼部假体开发与制造诊室www.zgjsyw.com。设有专家特诊、专家诊、专病门诊、普通诊等各个层次门诊，以满足患者的不同需求。同时为方便患者就医，实行教授、副教授出诊时间固定，病人选择医生及三级医生负责制，并实行全员、全方位、全过程的质量管理。此外，还与国际奥比斯组织合作，建立了国际眼科疑难疾病远程会诊。
哈尔滨医科大学附属二院眼科师资力量雄厚，综合素质优良、富有创新能力和协作精神。目前从事医疗、科研、教学工作的医师30名（主任医师10名、副主任医师6名、主治医生11名、住院医师3名），作为访问学者到美国、日本、德国等国际院校留学研修人员7名，国外名誉教授4名；从事护理工作人员22名（主管护师14名、护师4名、护士4名）；从事检查和治疗的技术人员5人（副主任技师1人，主管技师4人）；教学辅助人员1名。
哈尔滨医科大学附属二院眼科现有博士生导师3名，硕士生导师9名，每年招收博士研究生、硕士研究生和七年制硕士研究生数十名。目前已经毕业博士生10名、毕业硕士生89名，正在培养博士生15名、硕士生15名。此外，还培养了大批不同省市县的眼科进修医生，是我国培养眼科学医务工作者的重要基地之一。
认真抓好医疗服务质量，充分发挥技术上的优势，不仅治愈了许多常见和多发性眼病，还治愈了很多疑难复杂的眼病，解除了病人的痛苦，使很多病人重见光明，取得了良好的社会效益。开展了许多国内外先进水平的手术和诊断治疗技术，其中已获黑龙江省医疗卫生新技术应用奖一等奖1项、二等奖3项、三等奖1项及多项校院级医疗新技术成果奖。学科诊疗水平不断提高，达到三级甲等医院重点学科必备的诊疗技术标准，是国内复杂疑难眼病会诊和治疗的中心之一。