此病治疗相当棘手。局部可用糖皮质激素或胶原酶抑制剂（如2%半胱氨酸眼药水）点眼。近年用1％～2％环孢霉素A油剂或FK506滴眼剂点眼，有一定疗效。防止混合感染，局部应合并使用抗生素眼药水及眼膏。适当补充维生素类药物。全身应用免疫抑制剂如环磷酰胺、氨甲蝶呤和环孢霉素有一定疗效。
病灶局限于周边部且较为表浅，可行相邻的结膜切除，联合病灶区角巩膜病灶浅层清除术，可望控制病变。如病变已侵犯瞳孔区、或溃疡深有穿破危险者，可根据病变范围，采用新月型、指环型或全板层角膜移植。如角膜已穿破，可行双板层角膜移植或部分穿透性角膜移植。移植片均应带有角膜缘（干细胞）组织。术后继续用环孢霉素A或FK506，对于预防角膜病变复发有一定疗效。
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